Análisis bioinformático: Microbioma 16S, 18S e ITS

¿En qué consiste?

La secuenciación de amplicones 16S rRNA (bacterias y arqueas), 18S rRNA (microeucariotas) e ITS (hongos) es el método estándar para estudiar comunidades microbianas complejas sin necesidad de cultivarlas.

En BioGenIA procesamos tus lecturas crudas con pipelines de alto rendimiento, asignamos identidad taxonómica contra bases de datos actualizadas (Silva, UNITE, Greengenes) y calculamos métricas de diversidad robustas para que puedas responder tus preguntas con confianza estadística.

¿Qué análisis realizamos?

1. Control de calidad: Evaluamos calidad de reads, removemos adaptadores y secuencias de baja calidad.

2. ASVs: Procesamos con DADA2 o QIIME2 para obtener variantes de alta resolución.

3. Asignación taxonómica: Clasificamos desde filo hasta especie contra bases de datos, por ejemplo:Silva, UNITE o RDP.

4. Diversidad alfa: Shannon, Simpson, Chao1, Faith's PD — ¿qué tan diversa es cada muestra?

5. Diversidad beta: Bray-Curtis, UniFrac, PCoA, PERMANOVA — ¿tus grupos son distintos?

6. Abundancia diferencial: LEfSe, ANCOM, DESeq2 — ¿qué taxones cambian entre condiciones?

¿Qué resultados recibes?

El análisis standard incluye:

• Informe técnico detallado en formato PDF.

• Figuras y visualizaciones publicables en revistas científicas.

• Tabla taxonómica completa — filo a especie, abundancias relativas por muestra, formato Excel/CSV

• Gráficos de composición — barras apiladas por muestra y por grupo experimental, coloreadas por taxa

• Métricas de diversidad alfa — boxplots con tests estadísticos por grupo (Kruskal-Wallis, Mann-Whitney)

• Análisis de diversidad beta — gráficos PCoA 2D/3D + PERMANOVA con p-values y R²

• Curvas de rarefacción — valida que tu profundidad de secuenciación fue suficiente

• Taxa diferenciales — gráficos LEfSe con LDA score y tablas de biomarcadores

• Soporte post-análisis.

Preguntas frecuentes

¿Qué necesitas enviarnos?

Tus archivos FASTQ crudos (paired-end preferido) y una tabla de metadata con ID de muestra, grupo experimental y variables relevantes. Si ya tienes una tabla de ASVs/OTUs generada, también podemos partir de ahí.

¿Funciona para muestras de suelo, intestino, agua o clínicas?

Sí. Hemos analizado microbiomas de suelos agrícolas, muestras intestinales humanas y de animales, agua residual, biopelículas industriales y más. El pipeline se ajusta al tipo de muestra y región amplificada.

¿Qué región hipervariable analizan?

Las más comunes: 16S V3-V4, V4, V1-V2 para bacterias; 18S para microeucariotas; ITS1 e ITS2 para hongos. Confirmamos la región con tu equipo antes de iniciar para usar los clasificadores correctos.

¿Puedo incluir los métodos en mi artículo?

Sí. Te entregamos descripción detallada del pipeline, versiones de software y bases de datos usadas, lista para la sección de Métodos de tu publicación.

Cotiza tu estudio de microbioma

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Trabajamos con proyectos a partir de 8 muestras y ofrecemos tiempos de entrega de 4 a 6 semanas dependiendo del tamaño del estudio.

📧 Contacto: hola@biogenia.com.mx

¿Tienes muestras secuenciadas pero no sabes qué microorganismos viven ahí?

Analizamos la composición y diversidad microbiana de tus muestras ambientales, clínicas o industriales usando secuenciación de amplicones 16S, 18S e ITS. Tú nos envías los datos crudos; nosotros te entregamos resultados claros, reproducibles y con interpretación biológica.