El análisis de diversidad cuantifica la riqueza y equitatividad de especies microbianas en comunidades complejas. Responde preguntas fundamentales: ¿qué tan diverso es mi microbioma? ¿Es más diverso el grupo control que el tratamiento?
Evaluamos si las muestras de diferentes sitios son similares o distintas en composición microbiana. Es la base indispensable para entender la estructura, función y dinámica de ecosistemas microbianos.
¿Qué análisis realizamos?
Aplicamos métricas estadísticas rigurosas para explorar a fondo la composición taxonómica y filogenética.
Diversidad Alfa
Diversidad Beta
Rarefacción y Core
Calculamos riqueza observada, índice de Shannon, índice de Simpson, Chao1 y Phylogenetic Diversity (Faith's PD) incorporando distancias evolutivas.
Matrices de distancia con Bray-Curtis, Jaccard y UniFrac. Visualización con PCoA o NMDS y pruebas estadísticas PERMANOVA, ANOSIM y ADONIS.
Curvas de rarefacción para validar la suficiencia del muestreo y análisis de core microbiome para identificar taxones persistentes.
¿Qué datos debes enviarnos?
Datos 16S / 18S / ITS
Metadata Experimental
Archivos FASTQ (paired-end preferido) o tabla de ASVs/OTUs con secuencias representativas y árbol filogenético.
Tabla detallada con ID de muestra, grupo experimental, características del host, condiciones ambientales y variables clínicas.
Procesamiento 16S
Asignación taxonómica
Análisis de diversidad
QIIME2 (recomendado), DADA2, mothur.
Silva, Greengenes, RDP databases.
QIIME2 plugins (diversity, q2-diversity), vegan package (R), phyloseq (R).
Visualización
Estadística
ggplot2, phyloseq plots, microbiome package (R), QIIME2 artifacts viewer.
PERMANOVA, microbiomeSeq, MaAsLin2
Recibes reportes bioinformáticos listos para publicación, respaldados por métricas estadísticas rigurosas y visualizaciones analíticas detalladas.
Tablas de Diversidad Alfa
Para cada muestra listamos exhaustivamente todas las métricas clave: índices de Shannon, Simpson, Chao1, Observed ASVs y la diversidad filogenética de Faith's PD.
Boxplots con Pruebas Estadísticas
Comparación estadística rigurosa de diversidad alfa entre grupos experimentales utilizando tests de Kruskal-Wallis y Mann-Whitney para identificar diferencias significativas.
Curva de rarefacción
Gráficos PCoA 2D y 3D
Curvas de Rarefacción detalladas con intervalos de confianza que demuestran la profundidad del esfuerzo de secuenciación y confirman si tus muestras alcanzaron la saturación adecuada.
Para el análisis de diversidad beta generamos ordenaciones PCoA bidimensionales y tridimensionales coloreadas por grupo experimental para evaluar la estructuración comunitaria.
Interpretación Biológica
Explicamos de manera clara si tus tratamientos o condiciones alteran significativamente la diversidad y estructura general de la comunidad microbiana.
Análisis de Core Microbiome
Diagramas de Venn mostrando taxones compartidos y únicos entre grupos, acompañados de listas detalladas del núcleo microbiano con su prevalencia y abundancia.