Análisis de Diversidad Microbiana en Metagenómica Shotgun
El análisis de diversidad en metagenómica shotgun cuantifica la riqueza y equitatividad de especies microbianas mediante secuenciación completa del genoma, sin limitarse a genes marcadores. Responde preguntas fundamentales sobre la composición taxonómica y funcional de tu microbioma.
Metodologías de Vanguardia
Realizamos una serie de análisis exhaustivos para desentrañar la complejidad de tu muestra metagenómica, desde el preprocesamiento hasta la anotación funcional detallada.
Control de Calidad
Ensamblado y Taxonomía
BINNING Metagenómico
Anotación Funcional
Aseguramos la integridad de tus datos con FastQC, Trimmomatic y remoción de hospedero para una base sólida de análisis.
Reconstruimos genomas y clasificamos especies con metaSPAdes, Kraken2 y MetaPhlAn para un perfil taxonómico detallado.
Reconstrucción de MAGs (Metagenome-Assembled Genomes) y evaluación de calidad con herramientas avanzadas como MetaBAT2 y CheckM.
Descubre el potencial metabólico y genético con Prokka, DRAM, eggNOG-mapper, antiSMASH y perfiles de resistencia.
Calculamos matrices de distancia con Bray-Curtis, Jaccard y distancias ponderadas para comparar muestras. Visualizamos con PCoA, NMDS o t-SNE para observar agrupaciones en espacio multidimensional reducido.
Realizamos tests estadísticos robustos con PERMANOVA, ANOSIM y ADONIS, evaluando si los grupos son significativamente diferentes en composición. Proporcionamos perfiles taxonómicos completos, desde reino hasta cepa, para una clasificación precisa.
Aceptamos tanto archivos de secuenciación crudos como tablas procesadas para iniciar la caracterización de diversidad microbiana shotgun.
Archivos FASTQ Crudos
Perfiles Taxonómicos
Metadata Estructurada
Archivos FASTQ crudos (paired-end o single-end) de secuenciación metagenómica shotgun, indicando plataforma (Illumina, NovaSeq, NextSeq, etc.) y longitud de reads.
Perfiles taxonómicos ya generados por herramientas como Kraken2, Bracken, MetaPhlAn3/4, mOTUs, o tablas de abundancia relativa a diferentes niveles taxonómicos.
Metadata completo en formato tabla estructurada con: ID único de muestra, grupo experimental/condición y variables asociadas para los análisis comparativos.
Empleamos algoritmos de vanguardia y bases de datos taxonómicas curadas para garantizar la máxima precisión en el análisis metagenómico shotgun.
Clasificación Taxonómica
Bases de Datos
Análisis de Diversidad
Implementamos Blast, Diamond, Megan y clasificadores rápidos basados en k-mers como Kraken2/Bracken, MetaPhlAn3/4 (genes marcadores específicos de clados), mOTUs, Kaiju y Centrifuge.
Contrastamos secuencias con repositorios globales exhaustivos incluyendo RefSeq, GTDB (Genome Taxonomy Database), CHOCOPhlAn para MetaPhlAn y bases de datos customizadas según el proyecto.
Evaluamos alfa y beta diversidad en R con los paquetes vegan, phyloseq y microbiome, complementado con la plataforma QIIME2 para análisis ecológico e inferencia estadística detallada.
Al concluir el análisis bioinformático de metagenómica shotgun, entregamos un paquete completo de datos procesados, reportes de calidad y matrices de abundancia listos para publicación científica.
Tablas de Asignación Taxonómica
Reportes de Calidad y Recorte
Matrices detalladas de composición taxonómica desde nivel de phylum hasta especie, entregadas en formatos estándar estructurados y listos para su importación directa en R, QIIME2 o Phyloseq.
Informes ejecutivos e interactivos con métricas Phred de calidad, estadísticas de filtrado de adaptadores y resumen detallado del proceso de recorte de lecturas de baja calidad.
Filtrado de Contaminantes
Abundancias Relativas
Identificación rigurosa y remoción bioinformática de lecturas correspondientes a secuencias de contaminación y genoma del hospedero para garantizar análisis metagenómicos limpios.
Perfiles cuantitativos de abundancia relativa normalizados por muestra y grupo experimental, preparados especialmente para análisis estadísticos multivariados y generación de figuras de publicación.
Listo para Profundizar?
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