Control de calidad y trimming
Alineamiento y cuantificación
Expresión diferencial
Enriquecimiento funcional
Modelado estadístico robusto con DESeq2 y edgeR. Normalización avanzada y corrección de pruebas múltiples por FDR.
Evaluación rigurosa con FastQC para detectar adaptadores, degradación y lecturas de baja calidad, seguido de filtrado de rRNA.
Mapeo contra genoma de referencia con STAR o ensamblado de novo con Trinity. Cuantificación exacta mediante Salmon o featureCounts.
Anotación de vías biológicas y ontología génica mediante análisis GO, KEGG y Reactome para interpretar los cambios biológicos.
Para asegurar un procesamiento bioinformático riguroso y reproducible, requerimos la entrega de los datos crudos de secuenciación junto con el metadato experimental completo de tus muestras.
Archivos FASTQ de RNA-seq
Información del Organismo y RNA
Envíanos tus archivos FASTQ de secuenciación de RNA (paired-end preferido o single-end) directamente a nuestros servidores seguros para iniciar la etapa de evaluación de calidad y control previo al alineamiento.
Especifica el organismo de origen, el tipo de RNA secuenciado (total RNA con depleción de rRNA, poly-A enriquecido o RNA nuclear) y confirma si la librería es strand-specific para configurar los algoritmos de cuantificación.
Diseño Experimental y Réplicas
Comparaciones Complejas
Detalla las condiciones de estudio, puntos de tiempo y mínimo 3 réplicas biológicas por grupo experimental. Es crucial documentar posibles efectos batch para corregir estadísticamente cualquier sesgo técnico indeseado.
Soportamos diseños avanzados que incluyen múltiples factores de análisis, series de tiempo continuas, modelos pareados o estructuras factoriales complejas, ajustando los modelos lineales a la hipótesis de tu estudio.
Resultados que entregamos
Entregamos matrices cuantitativas, tablas estadísticas detalladas y gráficos interactivos listos para publicación científica.
Matrices y tablas DE
Gráficos de significancia
Heatmaps y clusters
Mapas de enriquecimiento
Matrices de conteos crudos y normalizados (TPM, FPKM), junto con la tabla completa de genes diferencialmente expresados con log2FC y FDR.
Volcano plots interactivos, MA plots para detección de sesgos y PCA para evaluar la agrupación de réplicas biológicas.
Mapas de calor con clusterización jerárquica de genes de interés y gráficos de distribución para transcritos individuales.
Diagramas de dot plots, bar plots y redes de enriquecimiento funcional para vías KEGG y términos GO alterados.
Envíanos los detalles de tu proyecto y recibe una propuesta metodológica personalizada para tu análisis de RNA-seq.