Git y GitHub para Bioinformática

Tienes analisis_final.R, analisis_final_v2.R y analisis_final_v3_BUENO.R, y ya no recuerdas cuál generó la figura que mandaste al comité. Cambiaste un parámetro hace tres semanas y ahora los resultados no cuadran, pero no hay forma de volver atrás.

Este taller es para dejar de versionar tu código con nombres de archivo.

Módulos prácticos

1. Control de versiones

2. El flujo básico

3. Deshacer cosas

Qué es un repositorio, Git vs GitHub y local vs remoto. Qué se versiona (código y texto) y qué no (FASTQ y BAM).

Working directory, staging area y repositorio. Comandos init, status, add, commit y log. Redacción de mensajes informativos.

Recuperar archivos borrados, comparar versiones con diff y checkout, y corregir commits. Qué es reversible y qué no.

4. Gestión de ramas

5. Repositorio remoto

6. Respaldo científico

Probar parámetros sin arruinar el análisis principal. Comandos branch, switch, merge y resolución de conflictos.

Sincronización con GitHub (push, pull, clone). Repos públicos y privados, licencias, README y configuración de .gitignore.

Creación de repositorios citables con Zenodo y DOI. Requisitos de revistas científicas, uso de Issues y clonación.

Lo que te llevas del taller

Al finalizar la sesión tendrás las herramientas clave para integrar Git en tu flujo de trabajo de bioinformática.

Flujo de trabajo limpio

Experimentos seguros

Reproducibilidad directa

Dominarás los tres estados del archivo y registrarás cambios con commits claros y estructurados para revisar en el futuro.

Aprenderás a usar ramas para probar umbrales de filtrado o scripts nuevos sin modificar tu análisis bioinformático funcional.

Conectarás GitHub con Zenodo para obtener un DOI citable y cumplir las exigencias de disponibilidad de código en revistas.

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