Temario detallado del taller
¿Qué necesitamos de una base de datos?
Bases taxonómicas
Marcadores: 16S, 18S e ITS
Amplicones vs shotgun; taxonomía vs función; secuencias de referencia; datos crudos vs bases curadas.
SILVA, GTDB, NCBI Taxonomy, RDP. Diferencias conceptuales y por qué la elección de la base puede cambiar la asignación taxonómica.
Qué bases utilizar según bacterias/arqueas, eucariotas y hongos. UNITE para ITS. Problemas de resolución especie/género.
Metagenómica shotgun
Bases funcionales
¿Dónde están los microbiomas publicados?
RefSeq/GenBank, GTDB y recursos de genomas microbianos. MAGs, genomas de referencia y calidad de las referencias.
KEGG, eggNOG, UniProt, Pfam/InterPro y CAZy. Genes → proteínas → ortólogos → dominios → funciones → pathways.
SRA, ENA y MGnify. Reads, BioProject, BioSample, metadata y reutilización de datasets públicos.
Qué vas a aprender
Para quién es
Lo que te llevas
Aprenderás a buscar, filtrar y utilizar las bases de datos más utilizadas para el análisis de datos de metagenoma y microbioma mediante ejercicios guiados para obtener datos reproducibles en tu investigación.
Estudiantes de posgrado, microbiólogos, ecólogos e investigadores que están analizando datos de metabarcoding o metagenómica y necesitan tomar decisiones informadas sobre qué base usar en cada paso.
Criterio para elegir base taxonómica y funcional según tu marcador y tu pregunta, la capacidad de explicar por qué dos bases dan resultados distintos, y las herramientas para encontrar y evaluar datasets públicos de microbioma.
Transforma búsquedas complejas en hallazgos biológicos reproducibles
Un taller diseñado para estudiantes e investigadores que buscan dominar los repositorios bioinformáticos esenciales sin perderse entre identificadores redundantes.
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